La pluie continue à s'abattre sur le circuit du Motegi, théâtre du GP du Japon 2017 et de l'entame de la tournée du Pacifique avec ses trois courses d'affile (Japon, Australie et Malaisie). Andrea Dovizioso - 2ème au provisoire à 16 points de Marquez- s'est montré le plus habile sur sa Ducati devant Marc Marquez, parti à la faute en fin de séance dans le virage 4 sans se blesser.

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L'officiel Honda précède Aleix Espargaro, très à l'aise sur le mouillé avec son Aprilia, et Jorge Lorenzo. Le pilote Ducati devance Johann Zarco et Danilo Petrucci. Les Yamaha d'usine sont à la peine, comme en FP1 : Viñales termine la journée à une lointaine 11ème place (9ème ce matin) et Rossi à la 12ème position (19ème en FP1). Kohta Nozane, qui remplace Folger chez Tech3, enregistre à domicile un très honorable 13ème temps.